Но перед тем, как отцу выделили новую квартиру от государства, он погасил в е задолженности по коммунальным платежам за аварийное жилье

В частности в силу ГПК РФ:

Статья 128. Извещение должника о вынесении судебного приказа

Судья в пятидневный срок со дня вынесения судебного приказа высылает копию судебного приказа должнику, который в течение десяти дней со дня получения приказа имеет право представить возражения относительно его исполнения.
Статья 129. Отмена судебного приказа

При поступлении в установленный срок возражений должника относительно исполнения судебного приказа судья отменяет судебный приказ. В определении об отмене судебного приказа судья разъясняет взыскателю, что заявленное требование им может быть предъявлено в порядке искового производства. 

Для отмены приказа не нужно как то обосновывать это требование.

Для отмены хватит самого факта несогласия

После этого, если взыскатель пойдет в суд в общем порядке, то он в суде уже будет приводить доводы о том, что задолженность им погашена