Может ли медицинская организация отказать ввыдачи справки для получения налогоаого вычета если услуга была оплачена путём рассрочеи через банк и она ещё не погашена?

Нет, медицинская организация должна выдать Вам справку по вашему заявлению в части уже оплаченной (поступившей к ним) суммы.  Так, при определении размера налоговых баз налогоплательщик имеет право на получение социальных налоговых вычетов в сумме, уплаченной налогоплательщиком в налоговом периоде за медицинские услуги (пп. 3 п. 1 ст. 219 НК РФ). Таким образом, вы вправе сейчас получить документ в части, даже если сумма не была полностью оплачена за медицинскую услугу, а остаток перенести на следующий год (по факту оплаты остатка).
Рада ответить на Ваш вопрос!
Буду благодарна за Ваш положительный отзыв (+), так смогу оставаться на связи с Вами и иными участниками диалога и уточнить дополнительные моменты
С уважением, Екатерина