Он должен письменно издать приказ или просто скажет бухгалтеру

Здравствуйте!

Штраф как вид наказания за отсутствие на рабочем месте законодательством не предусмотрен. Более того, все удержания из заработной платы указаны в 137 статье ТК РФ, и штрафы в этот перечень не входят.
Работодатель не вправе штрафовать сотрудника за опоздание или перекур даже в том случае, если подобная мера предусмотрена внутренними документами организации.

А вот Прогулом признается отсутствие работника без уважительных причин на работе в течение всего рабочего дня (смены), независимо от его (ее) продолжительности, а также на рабочем месте — более четырех часов подряд в течение рабочего дня (смены) (пп. «а» п. 6 ч. 1 ст. 81 ТК РФ).
 
В случае прогула возможно увольнение, если работник отсутствует на работе (рабочем месте) без уважительных причин в течение всего рабочего дня (смены) или более четырех часов подряд. От работника требуется объяснение причин его отсутствия на работе, на основании которого оценивается их уважительность. С приказом об увольнении работника должны ознакомить под подпись.