Здравствуйте, Александр.
Сокращенный вариант названия в заявлении на регистрацию может быть ООО «ИСС».
Но в Уставе Вы вправе прописать дополнительно полное и сокращенное наименования на иностранном языке.
В Вашем случае:
Limited Liability Company «Integration service segments»
LLC «ISS»
Если в заявлении Вы укажете ООО «ISS», то ИФНС вынесет отказ в регистрации, поскольку в соответствии с ч.1 ст. 4 З-на №14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью» Общество должно иметь полное и вправе иметь сокращенное фирменное наименование на русском языке. Общество вправе иметь также полное и (или) сокращенное фирменное наименование на языках народов Российской Федерации и (или) иностранных языках. Полное фирменное наименование общества на русском языке должно содержать полное наименование общества и слова «с ограниченной ответственностью». Сокращенное фирменное наименование общества на русском языке должно содержать полное или сокращенное наименование общества и слова «с ограниченной ответственностью» или аббревиатуру ООО. Фирменное наименование общества на русском языке и на языках народов Российской Федерации может содержать иноязычные заимствования в русской транскрипции или в транскрипциях языков народов Российской Федерации, за исключением терминов и аббревиатур, отражающих организационно-правовую форму общества.
Таким образом, смешение двух транскрипций в наименовании юридического лица законодательством не предусмотрено