Правомерно ли поступает руководство?

Ссылаются, что это второе высшее образование (Это понятно как аргументировать).

 При Вашем обучении у Вас нет второго высшего образования.

На этот счет Вы можете ссылаться на ст. 69 ФЗ «Об образовании в РФ»

8. Обучение по следующим образовательным программам высшего образованияявляется получением второго или последующего высшего образования:
1) по программам бакалавриата или программам специалитета — лицами, имеющими диплом бакалавра, диплом специалиста или диплом магистра;
2) попрограммам магистратуры — лицами, имеющими диплом специалиста или диплом магистра;

Таким образом, поскольку Вы поступив в магистратуру не имея диплома магистра или специалиста — то обучение в магистратуре не рассматривается как получение Вами второго высшего образования.

В этой части на Вас распространяются гарантии по предоставлению отпуска, установленные постановлением Правительства РФ от 03.11.2014 N 1156.

А так же, что я не брал справку разрешение у командира для поступления в ВУЗ (ПП № 1155, но оно, вроде, не распространяется на офицеров), из за этого отказывают.

 Нет, оно на офицеров не распространяется.

Для офицеров действует Постановление Правительства РФ от 03.11.2014 N 1156 и  в нем нет указания на необходимость такой справки

Что делать в данной ситуации?

 Если отказ есть, то к сожалению только через гарнизонный суд