Как приехал домой, решил подать заявление на АГС

Добрый вечер.

так как сначала должны рассмотреть заявление, а после остальные процедуры? 

 Все верно.

При принятии от Вас заявления изначально предполагается его рассмотрение и принятие по нему решения.

И только после принятого решения проводится медицинское освидетельствование.

В силу ст. 12 ФЗ «Об АГС» по итогам рассмотрения заявления призывная комиссия выносит заключение о замене гражданину военной службы по призыву альтернативной гражданской службой либо принимает мотивированное решение об отказе в такой замене.

И далее отмечается

6. Гражданину, в отношении которого призывной комиссией вынесено заключение о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой, вручается повестка с указанием срока явки на медицинское освидетельствование и заседание призывной комиссии для решения вопроса о направлении его на альтернативную гражданскую службу.

Но вот только имейте ввиду, что для целей замены военной службы на АГС в текущий призыв — вы уже пропустили срок подачи заявления.

И это будет являться достаточным основанием для отказа в его удовлетворении.

4. Гражданину может быть отказано в замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой в случаях, если:
он нарушил срок и (или) порядок подачи заявления о замене военной службы по призыву альтернативной гражданской службой, определяемые статьей 11 настоящего Федерального закона и положением о порядке прохождения альтернативной гражданской службы;