Добрый день!
Не факт, что в Вашем случае вообще имеет место дробление бизнеса с целью получения необоснованной налоговой выгоды:
— один из ИП — на ОСНО, оптовая компания — тоже на ОСНО.
— ИП розница — на УСН, скорее всего — на «доходы минус расходы», т.к. традиционно расходы на аренду, ФОТ, коммунальные платежи у розницы большие.
— то, что 2 бенефициара являются участниками одного ООО — объяснимо, хотят контролировать совместное предприятие.
Однако, на ровном месте аудитор подобные предположения высказывать не станет, скорее всего, есть какие-то признаки, которые соответствуют критериям, применяемым при определении схемы дробления бизнеса.
Ознакомьтесь с Письмом ФНС России от 11.08.2017 №СА-4-7/15895@ «О направлении обзора судебной практики, связанной с обжалованием налогоплательщиками ненормативных актов налоговых органов, вынесенных по результатам мероприятий налогового контроля, в ходе которых установлены факты получения необоснованной налоговой выгоды путем формального разделения (дробления) бизнеса и искусственного распределения выручки от осуществляемой деятельности на подконтрольных взаимозависимых лиц», там перечислены типовые ситуации дробления и признаки, на которые может обратить внимание ФНС. Ссылка: https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_256250/
Если найдёте что-то, относящееся к Вашей деятельности — привлекайте юристов для устранения недочётов.