Здравствуйте, Александр!
Насколько я смог разобраться в приказе №2700 — 2011г., из него следует то, что Вам говорит командование: при поступлении на военную службу по контракту зачисление на денежное довольствие производится на основании предписания, выданного военным комиссариатом, и приказа соответствующего командира (начальника) о зачислении в списки личного состава воинской части (организации, учреждения) — пункт 2 Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих, утвержденного приказом Минобороны № 2700.
Что касается приложений к приказу, то в них не установлен порядок выплаты довольствия, только размеры окладов.