Здравствуйте, Юлия!
Да, Вы могли, конечно, передать себе недвижимое имущество, например, по договору дарения в соответствии с гл.32 ГК РФ. Помимо акт приема-передачи нужен договор дарения. Если у вас осталась печать ООО оформите задним числом договор дарения. Заключение договора дарения недвижимости между компанией и ее учредителем — физическим лицом не нарушает требований законодательства. Проблема в отсутствии права собственности на недвижимость. Единственный вариант в таком случае – в судебном порядке признавать право собственности.
В соответствии со ст. 324 ГК РФ:
1. Лицо — гражданин или юридическое лицо, — не являющееся собственником имущества, но добросовестно, открыто и непрерывно владеющее как своим собственным недвижимым имуществом, если иные срок и условия приобретения не предусмотрены настоящей статьей, в течение пятнадцати лет либо иным имуществом в течение пяти лет, приобретает право собственности на это имущество (приобретательная давность).
Срок владения недвижимостью должен составлять 15 лет. Акт приема-передачи вы оформили в 2012 г. – т.е. 12 лет назад. Но, в соответствии с той же ст. 324 ГК к этому сроку можно прибавить срок нахождения недвижимости во владении ООО ( т.е. с 2004 г.).Так что, в принципе, подавайте иск в суд, шансы на положительное решение суда неплохие.
В случае оформления в собственность может возникнуть вероятность уплаты НДФЛ исчисленного по ставке 13% в порядке определенном ст. 210 НК РФ. Но, есть судебная практика, которая свидетельствует о том, что в случае получения физическим лицом имущества в силу приобретательной давности дохода, подлежащего налогообложению НДФЛ, не возникает, поскольку в рассматриваемом случае право собственности приобретается в отсутствие факта реализации имущества в пользу такого физического лица со стороны другого лица.