Добрый день!
То, что у Вас с супругом разные фамилии, абсолютно не является проблемой. В соответствии с положениями ст.17 Федерального закона от 15.11.1997 г. №143-ФЗ «Об актах гражданского состояния», сведения об отце ребенка вносятся в запись акта о рождении ребенка на основании свидетельства о заключении брака родителей. Это — к вопросу об отчестве.
При этом, согласно пунктам 3 и 4 статьи 58 Семейного кодекса Российской Федерации, фамилия ребенка определяется фамилией родителей. При разных фамилиях родителей ребенку присваивается фамилия отца или фамилия матери по соглашению родителей.
То есть, какую согласуете с супругом фамилию — так и внесут её в свидетельство о рождении.