Вопрос: как грамотно ответить на их письмо или согласиться с их аргументами?

П. 2 ст. 709 ГК РФ, на который ссылается Заказчик в обоснование своего предложения, предусматривает, что

Цена в договоре подряда включает компенсацию издержек подрядчика и причитающееся ему вознаграждение.

Данное условие предполагает, что цена в договоре подряда (общая стоимость выполняемых Подрядчиком работ по Договору) должна включать в себя все издержки Подрядчика, возникающие у него в связи с выполнением работ по Договору.

П. 8 ст. 11 Устава автомобильного транспорта (Федеральный закон от 08.11.2007 N 259-ФЗ), на который также ссылается Заказчик в обоснование своего предложения, предусматривает, что

Погрузка груза в транспортное средство, контейнер осуществляется грузоотправителем, а выгрузка груза из транспортного средства, контейнера — грузополучателем,если иное не предусмотрено договором перевозки груза.

Т.е. указанная норма является диспозитивной, т.к. содержит оговорку: «если иное не предусмотрено Договором», что означает следующее:

Положения п. 8 ст. 11 действительны для Сторон Договора только в случае, если иное не согласовано Договором.

В данном случае в Договоре, в который Заказчик хочет внести изменение, предусмотрено иное:

Разгрузка и погрузка давальческого сырья силами Подрядчика договором не предусмотрена, в связи с чем для внесения изменений в Договор в этой части в целях возложения на Подрядчика обязанности по выполнению данных работ с соответствующей компенсацией их стоимости со стороны Заказчика Сторонам надо будет заключать дополнительное соглашение к Договору.

В соответствии с п. 1 ст. 452 ГК РФ

Соглашение об изменении или о расторжении договора совершается в той же форме, что и договор.

Если Подрядчик не согласен на предложенные Заказчиком изменения, он вправе не подписывать дополнительное соглашение к Договору. В таком случае Договор будет действовать для Сторон в прежней редакции.

Заказчику следует письменно ответить отказом на его предложение (оферту) об изменении Договора в предложенной Заказчиком редакции со ссылкой на вышеуказанные нормы права.

Здравствуйте!

Вам нужно подготовить ответ, в котором поблагодарить сторону вашего договора за предоставленное разъяснение и внимание к деталям нашего сотрудничества, при этом укажите, что вы внимательно рассмотрели письмо и ссылки на пункт 8 статьи 11 Федерального закона № 259-ФЗ «Устав автомобильного транспорта и городского наземного электрического транспорта», а также часть 2 статьи 709 ГК РФ.

Позвольте себе отметить следующее, что согласно ст. 421 ГК РФ, стороны имеют право заключить договор на любых условиях, не противоречащих законодательству. Ваш действующий договор не предусматривает обязанностей Подрядчика по разгрузке и хранению давальческого сырья. Это было осознанным решением сторон при заключении договора.
Хотя законодательство устанавливает общие правила, оно также допускает возможность их изменения по соглашению сторон. В вашем случае договором предусмотрено иное распределение обязанностей, с учетом условий вашего договора.
В связи с чем, выразите желание если это вам возможно, — изменить условия вашего сотрудничества и возложить на нас дополнительные обязанности по разгрузке и хранению материалов за дополнительную плату, за счет вашего контрагента, а не за счет ваших издержек без дополнительного соглашения к действующему договору и платы со стороны контрагента за дополнительные обязанности по разгрузке и хранению материалов, предложите оформить это изменение путем заключения дополнительного соглашения.

Это позволит четко определить новые обязанности сторон и согласовать соответствующую компенсацию ваших расходов, связанных с выполнением данных работ.
Укажите, что вы высоко цените ваше партнерство и готовы обсудить условия дополнительного соглашения в ближайшее время. Попросите уточнить, когда вашему контрагенту будет удобно провести переговоры или обменяться предложениями по условиям.