Елена, здравствуйте! В статье 5 ФЗ «О правовом положении иностранных граждан», которая устанавливает порядок пребывания в РФ в течение 90 суток в течение 180 суток, среди исключений не указывает брак с гражданином РФ. Срок продлевается, например, в связи с получением РНР или патента, обучения в учебном заведении на территории РФ. Также основанием для продления срока является подача документов на РВП:
Ст.5 ФЗ «О правовом положении иностранных граждан»
2. Временно пребывающий в Российской Федерации иностранный гражданин обязан выехать из Российской Федерации по истечении срока действия его визы или иного срока временного пребывания, установленного настоящим Федеральным законом или международным договором Российской Федерации, за исключением случаев, когда на день истечения указанных сроков ему продлены срок действия визы или срок временного пребывания, либо ему выданы новая виза, или разрешение на временное проживание, или вид на жительство, либо у него приняты заявление и иные документы, необходимые для получения им разрешения на временное проживание
Иностранным гражданам, состоящим в браке с гражданином РФ, РВП выдается без учета квот, так что для преодоления ограничения срока пребывания в 90 суток лучше всего оформить РВП.