Здравствуйте Рональд!
Вставать на воинский учёт перед подачей на выход из гражданства не нужно.Я понимаю тревогу: сотрудники ММЦ иногда перестраховываются, но с юридической точки зрения их требование в вашей ситуации необоснованно.
Ключевая норма — пункт 1 статьи 8 Федерального закона от 28 марта 1998 года № 53-ФЗ. В нём закреплено: воинский учёт ведётся по месту жительства или пребывания гражданина. А пункт 15 Положения о воинском учёте (утверждено постановлением Правительства РФ № 719 от 27 ноября 2006 года) прямо относит к тем, кто воинскому учёту не подлежит, граждан, постоянно проживающих за пределами Российской Федерации.
Вы подпадаете под это исключение: с 2025 года вы сняты с регистрационного учёта в России и фактически постоянно живёте в Эстонии. Значит, у вас нет неисполненной обязанности состоять на воинском учёте, и требовать от вас отметку в паспорте или военный билет для приёма документов на выход из гражданства не вправе.
Чтобы снять все вопросы у принимающего органа, я советую взять в военкомате по последнему месту учёта в России справку о том, что вы на воинском учёте не состоите. Основанием для такой справки как раз и будет подтверждение вашего статуса: снятие с регистрационного учёта и факт постоянного проживания за рубежом (например, эстонский ID, вид на жительство). Эту справку и покажите в ММЦ — это закроет вопрос надёжнее, чем споры о трактовках закона.
Так что собирайте пакет документов на выход из гражданства (учитывая, что у вас есть гражданство Эстонии, и другие стандартные требования — справка об отсутствии налоговой задолженности и т.п.) и подавайте. Если на месте снова возникнут вопросы про воинский учёт — ссылайтесь на указанные нормы и предъявляйте справку. Удачи с оформлением!