Такой вопрос, применима ли 96 и 99 статьи ТК для военнослужащих, если в семья имеет статус многодетной и у старшей дочери инвалидность?

Добрый вечер.

применима ли 96 и 99 статьи ТК для военнослужащих

 Нет, не применима.

Статус семьи в данном случае не будет играть никакой роли.

Тут дело в том, что в силу ст. 11 ТК РФ 

Трудовое законодательство и иные акты, содержащие нормы трудового права, не распространяются на следующих лиц (если в установленном настоящим Кодексом порядке они одновременно не выступают в качестве работодателей или их представителей):
военнослужащие при исполнении ими обязанностей военной службы;

Именно по той причине, что в силу прямого указания ТК РФ оно не распространяется на военнослужащих, то нормы ст. 99 и 96 ТК РФ к ним не применимы.