Можно ли оформить договор купли‑продажи в одном МФЦ, а зарегистрировать сделку в другом?

Добрый день. 14 месяцев назад нотариально заключили зделку. Договор купли продажи на нежилое помещение расщитались с покупателем 1 200 000 рублей. Оценочная стоимость 6 000 000 рублей. 3 дня назад налоговая выставила налог 900 000 рублей. Как поступать дальше.

Квартира приобретена в ипотеку , в 2007г., на 25 лет. Материнский капитал задействован в размере 410'000₽ в 2013 году.По договору купли-продажи стоимость 1 млн., ипотека 80'000 долларов США,фактическая на данный момент 6 млн., с учетом процентов выплачено будет более 10млн. Двое уже совершеннолетних детей. В браке не состояла. На момент использования средств материнского капитала стоимость 2,8 млн. На данный момент остаток долга 1,7 млн рублей при досрочном погашении. Могу ли я для выделения долей использовать не сумму указанную в договоре купли-продажи, т.к. получается, что государство 40% стоимости жилья оплатило, что полностью не соответствует действительности.?

При открытии аккредитива в банке подали договор купли продажи квартиры в котором была строка "Стороны договорились, что в соответствии с п.5 ст.488 ГК РФ квартира до полной оплаты цены будет находиться в залоге у продавцов" А при регистрации сделки в МФЦ мы решили изменить эту сроку на ""Стороны договорились, что в соответствии с п.5 ст.488 ГК РФ квартира до полной оплаты цены не будет находиться в залоге у продавцов" Могут ли возникнуть проблемы у покупателя?