Здравствуйте, Елена!
Согласно ч. 3 ст. 10 ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»
Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению. В этом случае правила части 1.1 статьи 30 Жилищного кодекса Российской Федерации не применяются.
Соответственно, независимо от того, проживал на тот момент супруг с Вами или нет, Вы официально находились в браке. Следовательно, по данной причине и в виду вышеуказанной нормы, Вы обязаны были выделить доли каждому из членов семьи (то есть, Вам, супругу и детям).
Поэтому каких-либо оснований для оспаривания выделения долей у Вас в соответствии с законом не имеется.
Также если жилое помещение было также приобретено не только на средства материнского капитала, но и также на другие общие доходы супругов, то оно является совместно нажитым имуществом, и бывшей супруг также имеет право на долю в этом жилье.
По срокам оформления в общую собственность всех членов семьи смотрите п.
15(1). Постановления Правительства РФ от 12.12.2007 N 862, Вы обязаны были оформить в эти сроки, подробнее пои данной ссылке
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_73468/41ab14163ba68ffe1e18d73bd1c86416348416a3/#dst100009