Здравствуйте, если при взятии ипотеки на квартиру, супруги подписывают у нотариуса соглашение на кредит, это может потом сказаться на разделении имущества?

Квартира будет являться совместно нажитым имуществом, она будет являться собственностью обоих супругов. Вы можете выделить доли по оглашению, на практике после оплаты ипотеки 

Юлия здравствуйте, супруги по своему усмотрению распоряжаются принадлежащими им правами, которые вытекают из семейных отношений (статья 7 Семейного Кодекса). Изменения правового режима общего имущества возможно на основе брачного договора (статья 41.42 Семейного Кодекса), соглашения о разделе имущества (статья 38 Семейного Кодекса), соглашения о признании имущества одного из супругов общей собственностью (статья 37 Семейного Кодекса ).
Относительно соглашения у нотариуса стоит его детально изучить у юриста чтобы сделать верные выводы и дать вам рекомендации исходя из ситуации