Что можно сделать в данной ситуации?

Согласно части 1 статьи 136 Трудового кодекса Российской Федерации, заработная плата выплачивается работнику за выполненную работу. Поскольку ваш сотрудник фактически не работал, его пребывание за границей не давало оснований для начисления заработной платы.

В соответствии с пунктом 1 статьи 226 Налогового кодекса Российской Федерации, налоговый агент (в вашем случае, ИП) обязан удерживать и перечислять налог на доходы физических лиц (НДФЛ) только с доходов, фактически выплаченных работнику. Аналогичные правила распространяются на обязательные взносы в Пенсионный фонд, Фонд социального страхования и Фонд обязательного медицинского страхования в соответствии с Федеральным законом от 24.07.2009 № 212-ФЗ «О страховых взносах». 

Работодатель обязан провести корректировку бухгалтерских записей и, если необходимо, подать уточненные налоговые декларации для возврата излишне уплаченных налогов и взносов. При этом необходимо уведомить сотрудника о возникшей переплатеи согласовать с ним порядок возврата излишне выплаченных средств.

Предлагаю Вам следующие шаги:

— Проведите внутреннюю проверку и подтвердите факт переплаты заработной платы и излишнего начисления налогов и взносов.
— Корректировка отчетности: Подготовьте и подайте в налоговые органы уточненные декларации и расчеты по страховым взносам. Это позволит вам вернуть излишне уплаченные суммы.

— Согласуйте с сотрудником порядок возврата излишне выплаченной заработной платы. Это может быть осуществлено путем удержаний из будущих выплатили иным согласованным способом.