Можно ли получить 3 отдельные квартиры при реговации, если лицевые счета разные (отдельные)?

К сожалению нет. Сейчас на всех дают такую жк квартиру по количеству комнат. Т.е. в вашем случае трехкомнатную. То что разные счета никак не учитывается. 

Статья 7.3. Гарантии жилищных прав собственников жилых помещений   и нанимателей жилых помещений в многоквартирных   домах, включенных в программу реновации

     Собственникам жилых помещений в многоквартирных домах, включенных в программу реновации (далее — собственники жилых помещений), и нанимателям жилых помещений в многоквартирных домах, включенных в программу реновации, в целях обеспечения их жилищных прав взамен указанных жилых помещений предоставляются равнозначные жилые помещения.

     Под равнозначным жилым помещением в настоящем Законе понимается жилое помещение, одновременно соответствующее следующим требованиям: 

     жилая площадь и количество комнат в таком жилом помещении не меньше жилой площади и количества комнат в освобождаемом жилом помещении, а общая площадь такого жилого помещения   превышает   общую   площадь освобождаемого жилого помещения;