Будет ли ухудшением жилищных условий прописка долей у мужа в квартире?

Да, посчитают как ухудшение и поставить вопрос о постановке не очередь можно будет только через 5 лет.

Статья 10. Последствия совершения действий, повлекших ухудшение жилищных условий

1. Жители города Москвы признаются нуждающимися в жилых помещениях по истечении пяти лет после совершения ими действий, в результате которых такие граждане могут быть признаны нуждающимися в жилых помещениях. При предоставлении жилых помещений жителям города Москвы из жилищного фонда города Москвы или помощи города Москвы в приобретении жилых помещений жителями города Москвы в собственность учитываются действия, повлекшие ухудшение жилищных условий, и гражданско-правовые сделки с жилыми помещениями, совершение которых привело к уменьшению размера занимаемых жилых помещений или к их отчуждению, за пять лет, предшествующих предоставлению жилых помещений или помощи города Москвы.
2. К действиям, повлекшим ухудшение жилищных условий, относятся:
4) изменение состава семьи, в том числе в результате расторжения брака;
5) вселение в жилое помещение иных лиц (за исключением вселения временных жильцов);