Здравствуйте!
Любые сделки более 100 000 рублей для организаций должны проходить в безналичной форме.
Сделка на сумму 5 000 000 рублей может быть признана нарушением действующего законодательства, тем более, что вы скорее всего будете подавать ее на возмещение НДФЛ за покупку квартиры, налоговая будет проверять чистоту сделки и правильность ее оформления.
Если данное ООО не является застройщиком, то необходимо убедиться, что данная сделка допустима в соответствии с корпоративными стандартами и не требует одобрения собственников организации. Если сделка будет осуществлена без обязательного одобрения, то собственники могут ее оспорить и вернуть квартиру в собственность ООО.