Мария!
В таком случае вопросы должны решаться по правилам Положения о военно-врачебной экспертизе, утверждённого Постановлением Правительства РФ №565 от 4.07.13, а в нём сказано так:
60. Заключение о необходимости предоставления военнослужащему отпуска по болезни или освобождения от исполнения обязанностей военной службы (далее — освобождение) выносится в случаях, когда расписанием болезней предусматривается временная негодность к военной службе.
Кроме того, есть Положение о прядке прохождения военной службы, утверждённое Указом Президента РФ №1237 от 16.09.99, в статье 31 которого сказано так:
7. Отпуск по болезни предоставляется военнослужащему на основании заключения военно-врачебной комиссии в соответствии с Положением о военно-врачебной экспертизе.
Отпуск по болезни предоставляется военнослужащему на срок от 30 до 60 суток.
Есть там и такое условие:
62. В мирное время военно-врачебная комиссия выносит заключение о необходимости предоставления военнослужащему отпуска по болезни в случае, если срок, по истечении которого военнослужащий может приступить к исполнению обязанностей военной службы, составляет не менее 30 суток.
В случае если указанный срок составляет менее 30 суток, военно-врачебная комиссия выносит заключение о необходимости предоставления военнослужащему освобождения.
Таким образом, обязательным условием для того, чтобы претендовать на отпуск по болезни, должно быть решение ВВК признать военнослужащего временно не годным к военной службе с предоставлением отпуска по болезни.
Если такое решение ВВК будет принято, командир не может отказать в предоставлении отпуска по болезни, соответствующий приказ должен быть издан.
В вашем случае решение о предоставлении отпуска по болезни не принималось, речь шла только о реабилитации, так что отпуск по болезни военнослужащему по данному решению не положен.