Потом начали переводить в другую воинскую часть на равнозначную, жена военнослужащая в декрете, а та воинская часть находится в другом регионе

Добрый день. Перевод невозможен, только если члены семьи (в частности супруга) не может проживать там на оснвоании заключения ВВК (ст. 15 Положения о порядке прохождения военной службы, утв. Указом Президента 1237 от 1999 года)

Военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, может быть переведен к новому месту военной службы по служебной необходимости с назначением на равную воинскую должность.
Перевод данного военнослужащего к новому месту военной службы с назначением на равную воинскую должность производится без его согласия, за исключением следующих случаев:

…
 при невозможностипроживания членов семьи военнослужащего (жена, муж, дети в возрасте до 18 лет, дети-учащиеся в возрасте до 23 лет, дети-инвалиды, а также иные лица, состоящие на иждивении военнослужащего и проживающие совместно с ним) в местности, куда он переводится, в соответствии с заключением военно-врачебной комиссии;

Ильнур, добрый день.

жена военнослужащая в декрете, а та воинская часть находится в другом регионе.

 Если супруга также проходит военную службу, то и в отношении нее обязаны были принять решение о переводе.

Ввиду того, что она находится в отпуске по беременности и родам (или по уходу за ребенком) — то объективно перевод ее исполнить пока  не представляется возможным до момента выхода из отпуска и по этой причине, как полагаю решение о ее переводе не принималось.

Поскольку по смыслу ст. 15 Положения о порядке прохождения военной службы

7. Военнослужащий в случае перевода к новому месту военной службы направляется туда после сдачи дел и освобождения от воинской должности, но не позднее чем через месяц со дня получения воинской частью приказа или письменного извещения о его переводе, кроме случаев, когда военнослужащий находится в отпуске, в командировке или на лечении.

Если решение о переводе в отношении супруги принято не было, то 

6. Если при переводе военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, к новому месту военной службы меняется место жительства его семьи,а жена (муж) этого военнослужащего также проходит военную службу по контракту, то одновременно с принятием решения о переводе военнослужащего к новому месту военной службы решается вопрос о переводе в данную местность его жены (мужа).
При невозможности одновременного назначения супругов-военнослужащих на воинские должности в пределах одного населенного пункта (гарнизона) и в случае отказа от увольнения с военной службы одного из них перевод к новому месту военной службы не производится.