В соответствии с российским законодательством, при обучении по целевому направлению от организации, выпускник обязан отработать в этой организации после окончания обучения. Срок отработки, как правило, составляет 3 года.
Однако, в Вашем случае, так как Вы продолжаете самостоятельно обучаться в магистратуре, не заключая нового целевого договора, Вы можете быть освобождены от обязательств по отработке после окончания бакалавриата.
Ключевым моментом здесь является то, что Вы не заключали целевой договор на обучение в магистратуре. Соответственно, у Вас нет обязательств по отработке после ее окончания.
Чтобы закрепить это, я рекомендую Вам:
1. Направить в организацию, направлявшую Вас на обучение по целевому направлению, письменное уведомление о том, что Вы продолжаете обучение в магистратуре самостоятельно, без заключения нового целевого договора.
2. Получить от организации письменное подтверждение об освобождении Вас от обязательств по отработке после окончания бакалавриата.
Действуя таким образом, Вы сможете избежать необходимости отрабатывать 3 года после окончания магистратуры. Это обусловлено тем, что Вы не заключали нового целевого договора на период обучения в магистратуре.