И вот вопрос, возможно ли сейчас вернуть эти выплаты или сроки уже прошли?

Данила, добрый день.

Правильно ли я понимаю, что речь идет о страховых взносах за 2016 год?

В 2016 году страховые взносы регламентировались ФЗ-212

Действительно согласно ч. 6 ст. 14 ФЗ О страховых взносах в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования в редакции действовавшей в 2016 году

6. Плательщики страховых взносов,… не исчисляют и не уплачивают страховые взносы… за периоды, указанные в пунктах 1 (в части военной службы по призыву)

Однако как следует из ч. 13 ст. 26  ФЗ О страховых взносах в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования

Заявление о зачете или возврате суммы излишне уплаченных страховых взносов может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы.

С 1 января 2017 года, администрирование страховых взносов было передано в ФНС, в НК РФ введена глава XI.

И тут необходимо руководствоваться уже  ст. 78 и 79 НК РФ — где так же указан срок 3 года.

В то же время в силу п. 3 ст. 79 НК РФ налогоплательщик вправе обратиться в налоговый орган в течение месяца, когда узнал о факте излишнего взыскания или в суд в течение 3 лет с момента когда узнали о факте излишне удержанного налога(взноса).

В Вашем случае считаю срок пропущен.

При возникновении вопросов обращайтесь. 

Здравствуйте, Данила! 

В соответствии со ст. 79 Налогового  кодекса РФ: 

1. Налогоплательщик, плательщик сбора, плательщик страховых взносов и (или) налоговый агент вправе распорядиться суммой денежных средств, формирующих положительное сальдо его единого налогового счета, путем возврата этой суммы на открытый ему счет в банке в порядке, предусмотренном настоящей статьей.

В соответствии с п. 13 ст. 26  Федерального закона от 24 июля 2009 г. N 212-ФЗ «О страховых взносах в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования

Заявление о зачете или возврате суммы излишне уплаченных страховых взносов может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы.

Если с момента перечисления платежа, числящегося в переплате, прошло более 3- лет, то вернуть переплату по заявлению нельзя, даже если переплата отражена в карточке расчетов с бюджетом и в ЛК налогоплательщика.

Здесь только один вариант – обращаться в суд. В судебном порядке можно добиться возврата переплаты только если удастся доказать, что со дня, когда страхователь узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а вовсе не с даты уплаты взносов, прошло менее 3 лет. 

Т.е. вам в суде необходимо доказать, что между датой обращения в суд и датой, когда вам стало известно о наличии переплаты, прошло не более трех лет. 

При этом нужно учитывать, что не существует  универсальных доказательств для подтверждения начального срока исковой давности (даты, когда  вам стало известно о переплате). В каждом конкретном случае суды могут по-разному оценивать доводы, представленные как вами так и налоговой инспекцией.