Здравствуйте!
Договор долевого строительства регистрируется на участника, т.е. на лица, которое указано в данном договоре.
При этом, право собственности на квартиру регистрируется после ввода многоквартирного дома в эксплуатацию и лишь тогда регистрируется в совместную собственность либо долевую собственность.
При этом, по общему правилу долевая собственность между супругами возможна лишь при наличии брачного договора, составленного нотариусом.
А сотрудники мфц сами должны разобраться, каким образом они должны регистрировать ДДУ.