Уважаемый Антон, здравствуйте! Дополню.
1) Академический отпуск — это отпуск, предоставляемый студенту высшего или среднего профессионального учебного заведения по медицинским показаниям и в других исключительных случаях (например, стихийные бедствия, семейные обстоятельства, призыв на службу в армию). Отпуск предоставляется обучающимся в порядке и по основаниям, которые установлены Приказом Министерства образования и науки РФ от 13 июня 2013 г. N 455.
https://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/70305722/
------
Да, Вы правильно понимаете, что право право на отсрочку у Вас будет потеряно.
Право на предусмотренную Федеральным законом «О воинской обязанности и военной службе» от 28.03.1998 N 53-ФЗ:
отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за студентом, получившим в период обучения академический отпуск, но при условии, если общий срок, на который студенту была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в образовательном учреждении не увеличивается или увеличивается не более чем на один год.
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_18260/
Таким образом, общий срок академического отпуска (академических отпусков) не должен превышать 12 месяцев. Поэтому Вас должны призвать сразу после издания приказа о выходе из академического.
Если Вы сможете перевестись на 3 курс бакалавриата, тем самым не увеличивая срок отсрочки более, чем на год, то отсрочка должна сохраниться, но для этого должен быть соответствующий приказ Ректора.
Практика (Третий КСОЮ)
… Кроме того, право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином при условии, если общий срок отсрочки не увеличивается или увеличивается не более чем на один год. В связи с чем суд апелляционной инстанции отметил, что продолжение обучения курсом ниже не является отчислением из образовательной организации.
rapsinews.ru/judicial_analyst/20220907/308256543.html
-----
С уважением, Дарья Алексеевна!
Правка.
Вы подлежите призыву на военную службу после прохождения одного года академического отпуска.
Это не верный ответ.
Отсрочка утрачивается с даты издания приказа о выходе из академического отпуска.