Если этот сотрудник не входит в перечень лиц, отчитывающихся каждый год по справке о доходам, тоже нужно уведомлять?

Здравствуйте, Мария, уведомлять не нужно. Если госслужащий подает декларацию для проверки его доходов и имущества, то данная информация об открытии счета подлежит обязательному указанию в момент подачи декларации за предыдущий год. 
Если госслужащий не имеет такой обязанности, то также отдельно уведомлять нет необходимости. 

Государственный служащий обязан уведомлять представителя нанимателя об открытии счёта в банке в случае, если это приводит или может привести к конфликту интересов. 

Уведомление должно быть представлено в письменном виде не позднее рабочего дня, следующего за днём, когда служащему стало об этом известно. Если уведомление не может быть представлено лично, то оно направляется по почте с уведомлением о вручении. 

Если служащий не входит в перечень лиц, отчитывающихся каждый год по справке о доходах, то уведомлять о счёте в банке его не обязательно. 

Порядок уведомления может отличаться в зависимости от региона и государственного органа, в котором служит служащий.