Валерия!
Такое решение командования не основано на законе. Есть статья 31 Положения о порядке прохождения военной службы, утверждённого Указом Президента РФ №1237 от 16.09.99, в которой сказано так:
7. Отпуск по болезни предоставляется военнослужащему на основании заключения военно-врачебной комиссии в соответствии с Положением о военно-врачебной экспертизе.
Отпуск по болезни предоставляется военнослужащему на срок от 30 до 60 суток.
Военнослужащему, проходящему военную службу по призыву, отпуск по болезни может быть продлен не более чем на 60 суток.
Военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, отпуск по болезни может быть продлен не более чем на 30 суток.
Как видно, если ВВК приняла соответствующее решение, отпуск ему должен быть предоставлен, всё, что делает командование — следствие их уверенности в том, что никто возмущаться не будет, на конфликт не пойдут.
Но тут уж каждый решает сам — как действовать, по закону отпуск положен, чтобы добиться этого военнослужащий может обращаться в военную прокуратуру с жалобой на командование (не каждый к этому готов, но и по-другому никак).