Вопрос: сможет ли она в суде переобуться и сказать, что всё-таки он был, меня посадят?

Виталий, здравствуйте!

В суде девушка вправе возражать против обвинения по ст. 306 УК РФ, в том числе путем настаивания на том, что изнасилование было. Однако свои слова ей придётся подкреплять фактами. В отсутствие экспертизы и других доказательств изнасилования суд скорее всего осудит её по ст. 306 УК РФ и вопрос для вас будет исчерпан.

Если же в деле по 306 УК РФ вдруг появятся доказательства изнасилования то суд может оправдать её по ст. 306 УК РФ, в связи с чем ранее вынесенное следователем решение об отказе в возбуждении уголовного дела по факту изнасилования будет отменено и проверка продолжится. В этом случае вам потребуется адвокат. 

В остальном больше склонен думать, что у вас все будет хорошо. 

Более точные прогнозы возможны при изучении вашего вопроса в деталях. Можете обратится в чат к любому из юристов сайта, включая меня. 

Удачи Вам. Буду признателен за положительный отклик.