Предоставят ли отсрочку при поступлении в магистратуру после бакалавриата и академотпусков?

В обосновании того, что обучение в магистратуре является самостоятельным основанием для отсрочки, а следовательно Вы можете ей воспользоваться и сохранить право на отсрочку, можно сослаться на Постановление Конституционного Суда РФ от 17.04.2018 N 15-П, которым указано, что магистратура является самостоятельным уровнем получения образования, для целей предоставления отсрочки от призыва.

Срок обучения по программе бакалавриата и по программе магистратуры считается отдельно друг от друга и на общую продолжительность обучения не влияет.

И именно по этой причине, исходя из требований ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», в силу которой

2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
а) обучающиеся по очной форме обучения в:
образовательных организациях и научных организациях по имеющим государственную аккредитацию:
программам бакалавриата, если указанные обучающиеся не имеют диплома бакалавра, диплома специалиста или диплома магистра, — в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам бакалавриата;

программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата, — в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры.

Вы можете воспользоваться отсрочкой в магистратуре.