Здравствуйте, Наталья!
Вы никого «выписать» не можете. Снятие с регистрационного учета производится уполномоченным органом — МВД.
Собственник квартиры вправе обратиться в МВД (или МФЦ, если у Вас МФЦ такую услугу предоставляет) с заявлением о снятии с учета умершего отца, для этого достаточно заявления в свободной форме, с приложением копии и предъявлением оригинала св-ва о смерти.
Что касается сводной сестры, то с ней ситуация сложнее. Во-первых, она недееспособная, во-вторых, все-таки сестра, хоть и сводная. Если опекун сестры не согласен зарегистрировать девушку в другом жилом помещении, придется обращаться в суд для признания ее утратившей право пользования (или — не приобретшей, смотря по обстоятельствам, но скорее — утратившей). Снять с рег.учета ее можно будет только после вступления в законную силу решения суда, если оно будет в пользу собственника.
Если Ваш сын несовершеннолетний, иск в его интересах можете подать Вы (если ему менее 14 лет — только вы).
Более подробно алгоритм решения вашей проблемы может быть разобран в рамках платной консультации в чате. Если нужно — обращайтесь, время и стоимость консультации согласовываются там же.