Здравствуйте, Егор!
первоначально автором кода может быть только гражданин, он может в статусе обычного физ лица или ИП зарегистрировать ПО в Роспатенте на себя.
Если регистрировать ПО на организацию, нужен договор между автором кода (группой авторов) и юр лицом, только при его наличии можно подавать заявку от юр лица.
А в целом от кого подавать зависит от проекта и планов по его реализации, от того, кому в конечном итоге он будет принадлежать и кто им будет управлять
В любом вопросе важен индивидуальный подход и внимание к деталям, мы можем все обсудить в чате и вместе прийти к успешному решению.