Здравствуйте, уважаемый Алексей!
В данном случае, с правовой точки зрения гражданин, подлежащий воинскому учёту, обязан сняться с воинского учета при переезде на новое место жительства или место пребывания на срок более 3 месяцев и встать на воинский учет в 2-недельный срок по прибытии на новое место жительства или место пребывания, в том числе не подтвержденные регистрацией по месту жительства или месту пребывания (подп. «д» п. 50 Положения, утв. постановлением Правительства от 27.11.2006 № 719).
Тот есть если сотрудник проживает именно более 3 месяцев в городе, в котором работает, он должен сняться с воинского учета по месту постоянной регистрации и встать на учет по месту временного проживания. Есть ли у него там временная регистрация при этом, не имеет значения.
Таким образом, с юридической точки зрения, с учетом того, что Вы ездите обратно домой по месту прописки 1 раз в 1.5 месяца примерно, то нет необходимости становиться на учет в местный военный комиссариат по месту прибывания.
Всего доброго Вам!
Рад был помочь, уважаемый Алексей!
С Постановлением Вы можете ознакомиться по ссылке www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_64215/d850b385829467332781e7210c18911254cf0151/