Здравствуйте, Анатолий.
Да, Вы можете заключить один договор, в котором будет указан в том числе, филиал, при условии, что этот филиал, находится на территории, на которой ответственность по сбору ТКО несет ваш региональный оператор. Так, по закону, на территории одного субъекта, могут осуществлять деятельность по сбору и транспортированию ТКО несколько региональных операторов и если к примеру, Ваш филиал находится территориально в зоне ответственности другого регоператора, то договор, Вам нужно заключать именно с ним.
Вы можете дополнительным соглашением к существующему договору с регоператором включить Ваш филиал в договор, опять-таки, если территориально филиал находится в зоне ответственности, того регионального оператора, с которым у Вас заключен договор на оказание услуг по обращению с ТКО. Таким образом, у Вас будет один договор с региональным оператором на все Ваши объекты.