Можно ли закрыть задолженность по микрозайму оплатой только основного долга?

Пробуйте договорится о снижении суммы с МФО, если откажут, то пусть обращаются в суд. Суд снизит размер пени по ст. 333 ГК РФ. 

 
Статья 810. Обязанность заемщика возвратить сумму займа

1. Заемщик обязан возвратить займодавцу полученную сумму займа в срок и в порядке, которые предусмотрены договором займа.
Статья 811. Последствия нарушения заемщиком договора займа

1. Если иное не предусмотрено законом или договором займа, в случаях, когда заемщик не возвращает в срок сумму займа, на эту сумму подлежат уплате проценты в размере, предусмотренном пунктом 1 статьи 395 настоящего Кодекса, со дня, когда она должна была быть возвращена, до дня ее возврата займодавцу независимо от уплаты процентов, предусмотренных пунктом 1 статьи 809 настоящего Кодекса.

Статья 333. Уменьшение неустойки

1. Если подлежащая уплате неустойка явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства, суд вправе уменьшить неустойку.