При этом, есть возможность поступить на очное отделение в магистратуру в другом городе, так как она принимает документы до 1 декабря

Здравствуйте.

Вам главное успеть зачислиться и принести справку до заседания призывной комиссии. Если успеете, то призывная комиссия обязана будет предоставить Вам отсрочку на основании ст. 24 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» от 28.03.1998 N 53-ФЗ о праве на отсрочку от призыва на военную службу граждан,

а) обучающиеся по очной форме обучения в:

программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратурыв год получения высшего образования по программам бакалавриата,...

Вы как раз поступите в год получения образования по программе бакалавриата и поэтому будете иметь право на отсрочку, и неважно в конце призыва Вы им принесете справку или нет.

Главное успеть зачислиться до вынесения призывной комиссии решения о Вашем призыве на военную службу.

Город, в котором расположен ВУЗ, где Вы учитесь на право получить отсрочку не влияет.

Добрый день. Как указано в статье 24 Федерального закона от 28.03.1998 N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане обучающиеся по очной форме обучения

образовательных организациях и научных организациях по имеющим государственную аккредитацию:

программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата,

Статья 24. Отсрочка от призыва граждан на военную службу \ КонсультантПлюс (consultant.ru)

Поэтому да, так как Вы окончили бакалвриат как раз в этом году, то соответственно данные условия выполняются и если  Вы успеете поступить, то можете рассчитывать на предоставления отсрочки. То что обучение проходит в другом городе никакого значения здесь иметь не будет.