Здравствуйте, Артем.
Да, Вы можете уведомить военкомат и требовать снятия с воинского учета дистанционно.
При этом, некоторые военкоматы работают по старинке и требуют личной явки и предоставления документов в бумажной форме.
Если не хотите спорить с военкоматом по поводу снятия с воинского учета, то лучше сделать это лично посредством представления заявления с отметкой на Вашей копии.
При возвращении в Россию в течение 14 дней Вы обязаны встать на воинский учет по месту пребывания
УтвержденоПостановлением ПравительстваРоссийской Федерацииот 27 ноября 2006 г. N 719
ПОЛОЖЕНИЕО ВОИНСКОМ УЧЕТЕ
50. Граждане, подлежащие воинскому учету, обязаны:
г) сообщить в письменной или электронной форме в военный комиссариат либо в местную администрацию соответствующего поселения, муниципального или городского округа, осуществляющую первичный воинский учет, сведения об изменении семейного положения, образования, места работы (учебы) или должности, о переезде на новое место пребывания, не подтвержденные регистрацией, либо о выезде из Российской Федерации на срок более 6 месяцев или въезде в Российскую Федерацию либо явиться в военный комиссариат в 2-недельный срок со дня наступления указанных событий (при отсутствии уведомления от военного комиссариата об изменении сведений в автоматизированном режиме с учетом требований статьи 81 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе»). Направить соответствующее заявление в военный комиссариат возможно в том числе с использованием портала государственных и муниципальных услуг (функций);
С уважением! Г.А. Кураев
При въезда в РФ о данном факте Вы также обязаны письменно уведомить военкомат в течении 14 дней с момента Вашего возвращения в РФ.
При повторном выезде из РФ на срок более 6 месяцев, повторяете процедуру о которой говорил выше.