Подскажите, пожалуйста: дело в том, что на закуп товара я привлекала денежные средства со своих кредитных карт, проводя их по своему эквайрингу, должна ли я платить 6% с этих сумм?

Здравствуйте, Ирина!

Насколько я понимаю речь идет об оплате налога лицом, зарегистрированным   ИП либо применябщим специальных налог  для  самозанятых, если ошибся уточните вопрос.

Для ИП и для самозанятых объектом налогообложения  в размере 6%  являются доходы, полученные  от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав)

должна ли я платить 6% с этих сумм? 

Налог Вы должны платить с доходов.

Ваши затраты  на оплату кредитных обязательств при этом не учитываются.