Я знаю что по закону из за больничных уволить нельзя, но как это работает с агс?

Согласно пункту 42 Постановления Правительства РФ от 28 мая 2004 г. N 256 «Об утверждении Положения о порядке прохождения альтернативной гражданской службы» трудовая деятельность гражданина, проходящего альтернативную гражданскую службу, регулируется Трудовым кодексом Российской Федерации с учетом особенностей, предусмотренных Федеральным законом и настоящим Положением.

Также, по общему правилу, предусмотренному статьей 81 Трудового кодекса РФ, не допускается увольнение работника по инициативе работодателя (за исключением случая ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем) в период его временной нетрудоспособности.
Соответственно при наличии сведений у работодателя о том, что работник находится на больничном, он не вправе по своей инициативе уволить такого работника.