Добрый день.
хотелось бы вырезать правую бочину и крышу
Так у Вас и будет замена элементов кузова.
В данном случае вы ничего не нарушаете, поскольку производите ремонт транспортного средства без внесения изменений в его конструкцию.
Решение Комиссии Таможенного союза от 09.12.2011 N 877 определяет внесение изменений в конструкцию транспортного средства как исключение предусмотренных или установка не предусмотренных конструкцией конкретного транспортного средства составных частей и предметов оборудования, выполненные после выпуска транспортного средства в обращение и влияющие на безопасность дорожного движения.
В Вашем случае Вы таких действий не производите — соответственно в последующем не требуется получать никаких разрешений и проводить перерегистрацию автобуса.