Здравствуйте, Алина!
Вашему отцу, поскольку он не состоит в браке с матерью (владельцем сертификата на материнский капитал), не нужно оформлять какой-либо отказ от своей доли, поскольку он и так не вправе претендовать на участие в общей долевой собственности на жилое помещение, которое будет приобретаться с использованием средств материнского капитала.
В соответствии с частью 4 статьи 10 Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»:
4. Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению...
Как видите, жилое помещение, приобретаемое с использованием средств материнского капитала, оформляется в общую долевую собственность только самого владельца сертификата (в данном случае Вашей мамы), всех детей, включая совершеннолетних, и супруга владельца сертификата. А поскольку Ваш отец не является супругом мамы (в браке они состояли и не состоят, как Вы указали), то в общей долевой собственности на данное жилое помещение он не вправе принимать участие.
Соответственно, и каких-либо отказов от доли от него не требуется.
Алина, если у Вас возникнут какие-либо дополнительные вопросы, Вы можете обратиться ко мне непосредственно в чат.