Здравствуйте, Антон.
Без претензии на гонорар.
Возможно, я не верно поняла описанную Вами ситуацию, но на всякий случай хотела бы обратить внимание на вот этот указанный Вами момент:
параллельно открыл ИП на УСН (доходы). Когда ИП было готово, я начал принимать оплату уже на расчетный счет и соответственно чеки по самозанятому уже не выставлял.
Я это поняла так, что у Вас был период, когда Вы уже были зарегистрированы как ИП на УСН, но оплату продолжали принимать как плательщик НПД — физ.лицо и выдавали чеки из приложения Мой налог.
Если такие факты имели место, то это является нарушением, поскольку в соответствии с ч. 19 ст. 5 Закона № 422-ФЗ лицо считается утратившим право на применение НПД со дня возникновения оснований, препятствующих его применению в соответствии с ч. 2 ст. 4 указанного закона. Одним из таких оснований является применение другого спец.налогового режима, в т.ч. — УСН (п. 7 ч. 2 ст. 4 Закона №422-ФЗ).
В Письме ФНС России от 25.11.2021 N СД-4-3/16437@ указывается, что в случае, если физическое лицо, применяющее НПД, зарегистрировался в качестве индивидуального предпринимателя и представил уведомление о переходе на УСН, то он перестает соответствовать условиям применения НПД и признается налогоплательщиком, перешедшим на УСН с даты постановки его на учет в налоговом органе, указанной в свидетельстве о постановке на учет в налоговом органе, выданном в соответствии с пунктом 2 статьи 84 НК РФ.
То есть после даты постановки Вас на учет в качестве ИП на УСН у Вас не должно быть проведенных в приложении Мой налог чеков, а полученные после этой даты доходы должны учитываться на УСН.
Если с этим все в порядке, и нарушения Вы не допустили, а просто я неверно Вас поняла, мой комментарий, конечно, не актуален.