Здравствуйте.
В чем причина?
В том, что в соответствии с законодательством если есть судебный акт, вступивший в силу, он является обязательным для любого лица и органа на территории Российской Федерации
Вступившие в законную силу постановления федеральных судов, мировых судей и судов субъектов Российской Федерации, а также их законные распоряжения, требования, поручения, вызовы и другие обращения являются обязательными для всех без исключения органов государственной власти, органов местного самоуправления, общественных объединений, должностных лиц, других физических и юридических лиц и подлежат неукоснительному исполнению на всей территории Российской Федерации.
Статья 6 ФКЗ «О судебной системе».
И любой пересмотр этого акта возможен только в рамках соответствующей процессуальной процедуры. То есть Ваше нотариальное соглашение (полагаю, речь о порядке осуществления родительских прав) должны быть «засилено» судом, поскольку он уже определил права и обязанности родителей. Если сейчас Ваше нотариальное соглашение нотариусы подписали, это вступило бы в противоречие с судебным актом.
Поэтому Вам нужно обращаться в суд, принявший решение, и просить о заключении мирового соглашения. И уже в рамках этого мирового соглашения предоставлять суду Ваше нотариальное соглашение.