Выписать по иску об устранении препятствий в пользовании можно.
Вам надо будет к иску приобщить:
1. Правоустанавливающий документ на квартиру, подтвердив, что вы собственник.
2. Сведения о прописке.
Один из аргументов — неучастие ответчика в оплате коммунальных услуг и неучастие в расходах на содержание жилья, так что сведения что платите вы (квитанции и т.д. на ваше имя).
Понадобятся свидетели, которые подтвердят непроживание.
ГК РФ
Статья 304. Защита прав собственника от нарушений, не связанных с лишением владения
Собственник может требовать устранения всяких нарушений его права, хотя бы эти нарушения и не были соединены с лишением владения.
Факт регистрации ответчика по вашему адресу препятствует вам. к примеру, в регистрации там иного лица, возникнет если такая надобность, или создаст проблему при продаже квартиры, к примеру.