Приобретаем квартиру в ипотеку с женой 5 000 000руб, первоначальный взнос 1 000 000 я делаю со своих сбережений, как отразить что моя доля в квартире больше?

Здравствуйте! Вам тогда необходимо оформлять квартиру не в общую совместную собственность, для этого необходимо закючить брачный договор, в котором будет распределение долей. В нем Вы можете отойти от равной долевой собственности. Брачный договор необходимо нотариально удостоверить.

Согласно ч. 2 ст. 41 СК РФ

2. Брачный договор заключается в письменной форме и подлежит нотариальному удостоверению.

Если Вам нужна подробная консультация Вы можете написать мне в чат.
Хорошего дня!