Здравствуйте, Никита!
база данных это отдельный объект интеллектуальной собственности.
Правильно будет заключить лицензионный или договор отчуждения исключительных прав договор между ООО и владельцем базы.
Но в любом случае владелец базы на код никаких прав не приобретает. ПО это тоже отдельный объект.
Ещё момент у самого ООО тоже должно быть надлежащего оформление прав на код. Первоначально они возникают именно у гражданина, его создавшего
В любом вопросе важен индивидуальный подход и внимание к деталям, мы можем все обсудить в чате и вместе прийти к успешному решению.