Может ли ИФНС не признать валютные поступления от зарубежного заказчика как доход по патенту для ИП?

Алия, ИФНС может не признать поступившие средства как поступления по патенту, если они поступят на Ваши личные счета. Такое поступление будет расцениваться как незаконная валютная операция. 

Если же денежные средств будут в иностранном банке будут зачисляться на счета ИП, то никакого нарушения здесь не будет, поскольку они будут зачислены с соблюдением требования валютного законодательства РФ. 

К слову, с 1 июля 2021 года принимать средства на иностранный электронный кошелёк (к которому не привязана банковская карта) в качестве оплаты за работу запрещено. 

Теперь, что касается уплаты налогов. Ведь Ваша деятельность осталась предпринимательской. Отсюда следует, что Вы платите ровно такие же налоги, которые платит ИП на патенте: патент; НДФЛ; страховые взносы; транспортный, имущественный и земельный налоги (если для этого есть основания). Здесь только важно понимать, что налоги придётся платить не только от суммы контракта, но и от курсовой разницы, которая образовывается при обмене валюты на рубли. Поэтому, Вам важно учитывать свои доходы по курсу на дату зачисления денег на транзитный счёт, потому что в этот день они пересчитываются в рубли по курсу ЦБ РФ.