Здравствуйте уважаемый Никита!
В целом, что касается выезда из Российской Федерации и в дальнейшем пересечь границу с просроченным паспортом — проблемы могут быть, так как в соответствии с законодательством РФ въезжать в РФ, передвигаться по территории РФ и выезжать из РФ иностранные граждане могут только по действительным документам, удостоверяющим личность, а срок действия Вашего паспорта в настоящее время истек.
В этой связи, что касается Посольства Украины. Да, действительно, с внутренними паспортами граждан Украины они не работают, но в полномочия Консульского отдела Посольства Украины должна входить такая функция, как выдача гражданину Украины Свидетельства о возвращении на Родину (при необходимсоти).
С этим документом Вы сможете выехать из РФ в дальнейшем пересечь границу с просроченным паспортом и въехать на Украину.
Удачи Вам!