Здравствуйте, Владимир!
Необходимо заключить дополнительное соглашение к договору, указав на основании чего, и с какого периода времени физическое лицо является самозанятым (плательщиком НПД), к дополнительному соглашению сделать приложение № 1 в виде Справки о постановки на учет как плательщика НПД форма КНД 1122035. Данную справку самозанятый может заказать в приложении Мой налог. При этом, в момент расчета, самозанятый должен предоставить чек заказчику, это можно сделать также через мобильное приложение Мой налог.
Ст. 14 Федеральный закон от 27.11.2018 N 422-ФЗ «О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима „Налог на профессиональный доход“
1. При произведении расчетов, связанных с получением доходов от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав), являющихся объектом налогообложения, налогоплательщик обязан с использованием мобильного приложения „Мой налог“… передать сведения о произведенных расчетах в налоговый орган, сформировать чек и обеспечить его передачу покупателю (заказчику), если иное не предусмотрено настоящим Федеральным законом.
Да, все верно. Это следует сделать, чтобы вынести все работы по договору в период, когда контрагент был уже самозанятым.